Если при регистрации в качестве индивидуального предпринимателя (ИП) не было подано заявление на применение упрощенной системы налогообложения (УСН), можно сделать это в течение 30-ти дней после даты регистрации ИП. При несоблюдении этого требования автоматически применяется общая система налогообложения (ОСН) которая требует уплаты большего количества налогов и ведения большего количества отчетности.
В случае если ИП не успел подать заявление на УСН и в тридцатидневный срок после регистрации, а УСН совершенно необходима, можно закрыть ИП и сразу же открыть его снова (подав заявление на применение упрощенки уже вовремя, при регистрации). При этом обязательно оплатить фиксированные взносы за то время, что первый ИП был официально зарегистрирован, произвести уплату налогов за этот период и сдать соответствующую отчетность.
Есть и более простой вариант действий, однако он не гарантирует результата. Возможно просто подать заявление на УСН с опозданием - если налоговая не будет возражать и выдаст Вам уведомление о применении упрощенки - значит все в порядке (заявление на применение УСН носит уведомительный характер, поэтому такой вариант вполне возможен). Если же налоговая откажет, можно обратиться в суд или действовать по первому варианту.